Автономијата на универзитетите останува загарантирана, но највисоките образовни институции ќе имаат обврска за отчетност пред Владата. Ова е ставот на министерката за образование и наука, Весна Јаневска, по серијата реакции во јавноста од страна на универзитетската заедница во врска со Предлог-законот за високо образование.

Прашањата поврзани со изборот во наставно-научни звања, како и условите за објавување научни трудови во странски списанија, предизвикаа поделби и во рамки на научната фела, особено кај националните научни дисциплини, како што е македонистиката.

Од Институтот за македонски јазик при Филолошкиот факултет во Скопје сметаат дека за научни области како македонистиката, која претставува суштинско сврзно ткиво на македонскиот идентитет, потребно е да се обезбедат посебни услови  и можност за објавување трудови во специјализирани научни списанија.

Дел од студентските организации реагираат дека студентите се изземени од процесот на подготовка на Предлог-законот за високо образование. Тие посочуваат дека, иако повеќепати побарале активно вклучување во јавната дебата, нивните барања досега не биле земени предвид.

Телевизија 24 побара став од Министерството за образование и наука и во врска со најавите за укинување одредени студиски програми во рамки на универзитетите. Оттаму појаснуваат дека мерката не се однесува на студиски програми од национално значење, како што се институтите за македонски, албански и турски јазик при универзитетите, Институтот за национална историја, како и катедрите за археологија и историја на уметност. Станува збор, како што велат од Министерството, за студиски програми кои во голем број случаи се дуплираат, а интересот и бројот на запишани студенти се минимални.