Освен намалениот водостој состојбата со Преспанското Езеро е загрижувачка и од аспект на неговата загаденост. Хидрбиолозите велат има големи количини на фосфор и азот во водата кои го загрозуваат живиот свет, а преку синџирот на исхрана стигнуваат до птиците и човекот.

Загадувањето е најчесто од прекумерната употреба на пестициди кое преку почвата и подземните води стигнуваат до езерото каде предизвикуваат зголемено цветање на алги и можност за појава на цијанофити – токсични алги.

Таквите високи концентрации на хемикалии  предизвикуваат бројни болести и кај човекот предупредуваат од Институтот за јавно здравје.

Од секторот за животна средина од Ресен информираат дека  направените анализи  на водата укажуваат на зголемено органско и нутриентно оптоварување,а посебно алармантна состојба е забележана во Претор во близина на браната  на Голема Река, која претставува и најголем потенцијален загадувач во литоралната зона, односно Преспанското Езеро во целина.

Од научната фела бараат анализите на  пестицидите во водата да се објавуваат јавно и  инспекцијата да биде поажурна во контролите какви хемикалии се користат и колку често се прска. Интервенција час поскоро се бара и за загубата на вода од езерото кое од ден во ден се помалку го има.